Pilonidal sinüsün tedavisi için temelde iki strateji mevcuttur ve bunların her birinin kendine özgü avantaj ve dezavantajları vardır ve tedavi süreci farklılık gösterir.

• Minimal invaziv tedavi , adından da anlaşılacağı üzere, lokal anestezi altında muayenehanemizde ayakta gerçekleştirilebilen küçük bir cerrahi prosedürdür. Bunun için, muayene ve konsültasyondan hemen sonra ameliyatın gerçekleştirilebildiği "hepsi bir arada" randevumuzu sunuyoruz. Bu yöntem, daha önce ameliyat edilmemiş koksigeal fistülleri olan hastalar için olduğu kadar, büyük orta hat kusurları olmaması koşuluyla nüksler için de uygundur. Minimal invaziv cerrahinin bir diğer avantajı da, nadir görülen bir nüks durumunda, hem başka bir minimal invaziv tedavinin hem de diğer tekniklerin mümkün olmasıdır.
• Primer yara kapatma ile fistülün çıkarılması daha fazla cerrahi çaba gerektirir, ancak hastaya genellikle daha az bakım ihtiyacı olan kapalı bir yara avantajı sunar. Yara izinin yanal olarak yer değiştirmesi nedeniyle tıraş veya lazerle epilasyon da daha az önemlidir. Bununla birlikte, bu prosedür genellikle en uygun koşulları sağlamak için genel anestezi altında bir ayakta tedavi cerrahi merkezinde ayrı bir randevu gerektirir. Bu yöntem, önceden ameliyat edilmemiş çoğu fistül için çok maliyetlidir, ancak nüksler için genellikle çok iyi ve etkili bir uzun vadeli seçenektir. Ayrıca, önceki bir cerrahi prosedür uzun ve sinir bozucu bir iyileşme sürecine yol açtığında ve hasta hızlı bir şekilde sonuçlanan bir tedavi istediğinde de tercih edilir.